南京肛泰医院以“立足南京，服务百姓”的办院理念，坚持“专病专治”的建院方针，邀请多位肛肠专科医生常年坐诊。医院汇聚了来自全国各地的肛肠领域经验丰富的人士，引进各地宝贵的肛肠疾病治疗经验，共同打造南京地区好口碑肛肠专科医院。
南京肛泰专科医院管理上引进先进的现代管理理念，进行标准化和规范化管理。严格执行国家省、市、区各种卫生管理规章制度，各职能管理部门不断加强质量安全管理，重视发挥医生的技术特点和丰富经验，防范了医疗纠纷和事故的发生，使患者“治得放心，医得舒心”。
南京肛泰医院自创院以来，在医疗工作中，对患者坚持合理用药、合理检查、合理治疗，禁止诱导过度医疗服务需求的行为;在收费标准上，严格执行国家药品价格和医疗服务项目收费政策，做到公开、透明。同时，不断推出公益医疗和爱心活动，为贫困患者的检查及治疗进行援助。
为完善环境标识系统和配套设施等，方便患者就诊，设立患者投诉箱、举报热线、院长留言簿、客服中心等服务窗口，争取能在第一时间解决医患矛盾，以更加完善医院的医疗质量。医院注重对职工的诚信教育，并把诚信建设融入医院文化建设中去，使医院医务人员在诊疗服务中恪守诚信服务规则，逐步建立起良好的职业道德习惯、职业道德和准则，自觉地把诚信的理念转化为自身的实际行为。通过开展诚信医疗、诚信服务，最大限度满足患者的要求，不断提高人民群众对医院的满意度。
除此之外，还很人性化的针对女性痔疮患者遇到男大夫往往感到尴尬、难为情的现象，南京肛泰专科医院开设女性肛肠门诊，由女医生专诊、女导医全程陪护，让广大女性患者享受秘密诊疗。女性肛肠门诊专为我市广大女性肛肠患者设立，其成立开设了南京市女子肛肠专科。
